Under primärproduktionen och vidareförädling via torkning av kryddor kan kontamination ske med sjukdomsframkallande mikroorganismer, vilket kan orsaka att personer som konsumerar produkter blir sjuka. Det är inte säkert att vidare behandling av kryddorna såsom värme sker innan konsumtion och därmed sker ingen reduktion av mikroorganismer. Kryddorna kan, om de är råvara i andra produkter och om de är kontaminerade med sjukdomsframkallande mikroorganismer, kontaminera de nya produkterna. För att minska sannolikheten att detta sker måste smittkällor och spridningsvägar kontrolleras och styras i möjligaste mån. Detta innebär att det måste finnas effektiva grundförutsättningar, det vill säga rutiner för hur odling, bevattning, gödsling, skörd, torkning, lagring med mera utförs för att minimera den mikrobiologiska kontamineringen och tillväxten av mikroorganismer på kryddorna. Om man med dessa grundförutsättningar som bas i processen utför en faroanalys och implementerar åtgärder för att styra farorna enligt HACCP-metodiken får man säkra kryddor som inte medför någon fara för slutkonsumenten oavsett användning.